Ganz grob gesagt, geht es hier darum, wie die Kirche, bzw. die die "im Namen Gottes " handeln (soweit ich mich recht erinnere, hat auch Bush vor dem Irakkrieg gesagt, er handle im Namen Gottes), die Werte die in der Bibel stehen und die sie ja eigentlich verbreiten wollen, v. a. Liebe(in faith but not in love), mit den Füßen treten.
Dann wird natürlich ganz klar die Aussage im Namen Gottes zu töten angeprangert, weil man diesen auf Erden nunmal nicht finden kann. (but God is nowhere, to be found conveniently (in geeigneter Weise).
Ansonsten kritisiert er in der 2. Strophe noch ganz allgemein die Missionierung. Man braucht eben kein Glaube um frei zu sein, es ist eher umgekehrt.
In der 3. Strophe geht es halt darum, dass dieser Irrglaube, im Gottes Namen töten zu müssen, einer der größten Probleme der Menschen ist, die das aber nicht kapieren ("feeling dangerous to me" ist natürlich eine riesen Untertreibung, fast schon zynisch)
Dann sind da natürlich noch die Zwischenfragen: "God what do you say?" Was soviel heißen soll, wie falls es einen Gott geben soll, er sicher dem was in seinem Namen gemacht wird, nicht zustimmen würde.
Für mich einer der besten Texte, im allgemeinen mag ich die Texte mit Gesellschaftsrelevanz viel mehr, als nur die persönlichen, wie z.B. auf Backspacer.